Если не изменяет память, то делают так:
Пластина кремния, разрезанная под определенным углом к оптической оси покрывают пленкой окиси кремния (пластины в зависимости от типа изделия имеют размер ок 1м, то на одной пластине могут получиться до несколько сотен тысяч микросхем, таких, как ТТЛ, или КМОП логика), вот как режут такого размера, а затем шлифуют до зеркального блеска, то тут целая история, графит то оч.твердый. Растровым микроскопом (пишущим, он же и читает, там куча реперных точек, иначе не совместится картинка) разрушают слой окиси, потом с газовой фазы наращивают слой кремния, легированный гидридом бора или фосфора , или другими летучими соединениями(мышьяка, алюминия, и прочих легирующих добавок, в зависимости от типа проводимости, нужного сопротивления и прочего), он садится в местах разрушения окиси, затем снова покрывают окисью, и т.д.
http://www.ngpedia.ru/id178346p1.html соединения - напыляют слой золота, наносят фоторезист, затем тем же электронным лучом разрушают, травят, так делают площадки, аналогично делают соединения меж площадками при помощи алюминия (образуется тройная эвтектика, алюминий, кремний, золото). В 70 годах, в СССР годных было 2.5% микросхем, остальное брак, рекорд - Япония, 3,5 % годных. Сейчас не знаю. Проблема - сфокусировать электронный луч, теоретически можно сделать транзистор с сотни атомов при помощи электронного луча. А как должен писать электронный луч, то это записано в программе, раньше были металлические маски, которые рисовали слои (уменьшенные по сравнению с маской).